เยอรมันวิงส์ เที่ยวบินที่ 9525 ออกเดินทางจากท่าอากาศยานบาร์เซโลนาเอล-แพรต บาร์เซโลนา ที่รันเวย์[6][7] [8] เวลา 10.01 น. เพื่อเดินทางสู่ ท่าอากาศยานนานาชาติดึสเซลดอร์ฟ ประเทศเยอรมัน หลังออกเดินทาง ราว 52 นาที ได้ส่งสัญญาณฉุกเฉินกลับมายังหอควบคุมการบินในเมืองมาร์กเซย์ จากระดับความสูง 6,800 ฟิต โดยแจ้งขอลดระดับฉุกเฉิน โดยเครื่องบินลดระดับลงอย่างรวดเร็ว จากความสูง 38,000 ฟุต ลงเหลือ 5,000 ฟุต ภายในระยะเวลาเพียง 8 นาที โดยไม่ทราบสาเหตุ จนกระทั่งเครื่องบินดิ่งลงชนเทือกเขาแอลป์สในที่สุด

โดยหอควบคุมการบินได้รับการติดต่อครั้งสุดท้ายเมื่อเวลา 10.53 น. จากนั้นก็ไม่มีเสียงตอบรับใด ๆ จากห้องนักบินอีกเลย[9]

อัยการบริซ โรแบง อัยการเมืองมาร์กเซย์ ฝรั่งเศส ได้แถลงในอีก 2 วันให้หลังจากอุบัติเหตุ โดยเปิดเผยข้อมูลจากกล่องบันทึกเสียงในห้องนักบินว่า อันเดรียส ลูบิตซ์ ชาวเยอรมัน นักบินผู้ช่วย เป็นผู้ควบคุมเครื่องบินในช่วงที่เกิดเหตุ และเจตนาทำลายเครื่องบินลำนี้ โดยไม่ยอมเปิดประตูให้กัปตันที่ถูกล็อกอยู่ด้านนอกห้องนักบิน คาดว่ากัปตันอาจออกไปเข้าห้องน้ำ ขณะที่ผู้ช่วยนักบินไม่ปริปากพูดแม้แต่คำเดียว หลังจากที่กัปตันออกไป ส่วนผู้โดยสารรู้ตัวในนาทีสุดท้าย เพราะได้ยินเสียงกรีดร้อง